知识产权诉讼中的证据往往数量多、种类繁杂、专业技术性强，较一般民事诉讼更为复杂。知识产权审判除了要贯彻最高人民法院关于民事诉讼的证据规则外，还要适用专利法、商标法和著作权法等法律、司法解释关于知识产权证据制度的特殊规定。
一、权利人和利害关系人的认定
当事人是否享有知识产权，是其能否提起知识产权诉讼的前提。因此，在审理知识产权民事案件中，应当根据不同类别，对当事人是否享有权利进行认定。
当事人向人民法院提起著作权等侵权诉讼，所提供的作品底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书、认证机构出具的证明等，查证属实的，应当作为当事人享有著作权或者与著作权有关权利的证据，对方不能提供相反证据反驳的，人民法院应当确认其享有权利。
对图书出版者、录音录像制作者等提供合法出版物作为享有与著作权有关权利的证据的，法院不得以当事人未提供其取得著作权人授权的证据，直接否定其权利人身份。
在侵权诉讼中，经过登记的著作权，其权利人可以将登记文件及相应的作品提供法庭作为权利证明；没有经过登记的著作权，其权利人应当提供何种证据来证明自己享有著作权，往往发生争议。考虑到著作权法关于"如无相反证据，在作品上署名的视为作?quot;的规定，最高人民法院关于著作权法的司法解释第七条规定，当事人提起诉讼所提供涉及作品的底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书、认证机构出具的证明以及取得权利的合同等，可以作为证据。
这条规定的重点，是把"合法出版物"作为著作权以及与著作权有关的权利的证据形式予以承认，对解决著作权的证明问题具有重要的意义。合法出版物的含义就是符合国家新闻出版的规定、有书号、是国家新闻出版署承认的。一般地说，人们对作品底稿、原件作为证据比较熟悉。最高人民法院在著作权司法解释中把合法出版物也列入证据，在一些情况下，就不需要再找作品底稿、原件来证明待证事实了，既方便了法官，也减轻了当事人的举证责任。
知名商品特有的名称、包装、装潢，主要是通过使用产生的权利。当事人向人民法院提起侵犯知名商品特有名称、包装、装潢的反不正当竞争诉讼，就其主张的权利向人民法院提交了该商品在一定市场上为公众知悉的证据，对方不能提供相反证据反驳的，人民法院应当确认其为知名商品，并对其特有的名称、包装、装潢予以保护。
专利权、注册商标专用权、植物新品种权、集成电路布图设计专有权、企业名称权等是通过法定程序登记或者审查核准而产生的权利。当事人提交有关的权利证书或者登记证明等证据，对方当事人不能提供该权利已经撤销、无效或转让等证据反驳的，应当确认当事人享有相应的知识产权。
知识产权法律规定的利害关系人应当根据事实和法律确认。根据司法解释的规定，各类知识产权许可合同的独占被许可人、排他被许可人，均可以认定为利害关系人。普通许可合同的被许可人，在许可人明确授权的情况下，可以视为利害关系人。利害关系人可以根据法律和司法解释的规定自行或者与知识产权权利人共同提起诉讼或者依法申请采取诉前临时措施。
二、专业技术的鉴定
在知识产权审判中，专业技术鉴定是个非常重要的问题，有时甚至是审判某些案件的关键。实践中，大家对什么是专业技术问题，什么是法律问题，在理解上并不一致，以致造成委托鉴定的事项差别很大。
笔者认为，是专业技术问题还是法律问题，关键是看这个问题是否需要利用专业技术人员的专业知识和经验来解决。比如，是否纳入专利权的保护范围、依法确定是否构成侵权等问题，是不需要专业技术人员的专业知识和经验解决的，或者此时专业技术的问题已经解决了，在这个基础上进行侵权判定，委托所谓侵权技术鉴定就是文不对题了。又如，专利侵权案件中所涉及的技术特征之间的技术手段及其功能、效果是否基本相同，本领域的普通技术人员是否不需要创造性的劳动就能够联想到等问题，就是需要利用专业技术人员的专业知识和经验来解决的，如果法官自己不能解决，就可以委托技术鉴定。
有观点主张，像上述问题也不宜委托鉴定，因为专业技术人员一旦对这些问题作出肯定或者否定的回答，法院就只能作出侵权或者不侵权的判定，实质上是将法律问题委托鉴定，因此，法院委托技术鉴定的事项只能限于鉴定客体的相同或者差异上，其他问题仍应由法官来判断。其实不必这样绝对化。技术鉴定不同于检验检测。检验检测可以只就被检对象的相同或者差异情况进行简单罗列，而技术鉴定要根据鉴定对象的相同或者差异情况，分析其在技术上的意义，并作出技术上的判断。
与鉴定有关的，还有对某些产品的检测和检测标准问题。最近，最高人民法院对云南省高级人民法院的一个请示的答复中就谈到了这个问题。针对案件处理中有观点提出对某产品国家没有监测标准，须等待有关部门制定了标准再处理本案的意见，指出有关本案产品涉及的检测问题，如果国家没有制定相关的检测标准，可以参照《中华人民共和国合同法》第六十二条第一款第（一）项的规定，按照本领域的惯常做法来进行检测。只要所采用的方法具有充分的科学依据，其检测结果一般可以作为定案的依据。
三、公证取证方式的适用
在司法实践中，权利人对侵权的取证工作比较困难，因此，权利人将目光投向公证机关，意图是为当事人收集证据、提交证据和举证责任提供一种合法的便利和公正、可靠的保险。于是，出现了对销售侵权复制品等侵权行为公证取证的取证方式。
所谓公证取证，是指权利人请公证处的公证人员现场取得证明侵权人实施发行、销售侵权物品证据的取证形式。由于计算机程序有容易被复制和删除的特点，在计算机软件侵权案件中权利人经常采取这种取证形式。一般认为，公证人员在现场对当事人的取证活动进行公证，属于《公证暂行条例》规定?quot;保全证据"的情形。
问题是，公证人员如果在公证过程中表明身份，则侵权人不可能现场销售侵权物品，也就无法取得侵权的证据；而如果不表明身份，则被告往往提出这种公证不具有保全证据的法律效力。对保全证据的程序和要求，《公证暂行条例》和其他有关公证的法律法规乃至规章均无明确规定，民事诉讼法和司法解释以往也没有明确的规定。对这种取证方式的争议，一直存在。
考虑到著作权和其他知识产权案件取证的难度，以及目前知识产权保护力度仍有不足的实际情况，最高人民法院关于著作权法的司法解释规定，当事人自行或者委托他人购买侵权复制品而取得的实物、发票等，可以作为证据。公证人员在未向涉嫌侵权的一方当事人表明身份的情况下，如实对另一方当事人按照前款规定的方式取得的证据和取证过程出具的公证书，应当作为证据。但有相反的证据除外。
对于那些属于以欺诈、胁迫、利诱等不当方式取证的效力问题，应当适用最高人民法院关于民事诉讼的证据规则第六十八条"以侵害他人合法权益或者违反法律禁止性规定的方法取得的证据，不能作为认定案件事实的依据"的规定，不予采信。严格以该规定认定证据，可以抑制当事人因履行举证义务、承担举证责任而不择手段等负面效果。
四、专利侵权的诉前证据保全问题
最近一次修改专利法等知识产权法，增加了诉前的临时禁令。当时，最高人民法院民事审判第三庭提出，在司法实践中，相对于保护权利人的合法权益和防止禁令失误，证据保全更为重要，适用的频率也更高。在我国的知识产权法律中应当规定对证据的诉前保全。在以后的商标法和著作权法中，都采纳了法院的意见，增加了诉前证据保全的规定。但是，在前的专利法对此没有作出明确规定，问题主要是专利的权利人能否单独申请诉前证据保全。应当说，专利法没有规定专利侵权的诉前证据保全，与著作权法、商标法的有关规定确实不协调，对专利权的保护不利。
为了弥补这种缺陷，满足司法实践的合理需要，最高人民法院在2001年6月公布的《关于对诉前停止侵犯专利权行为适用法律问题的若干规定》中，对此作了很大突破，即允许申请人在申请诉前停止侵犯专利权行为（即临时禁令）的同时，申请证据保全。但对申请人能否在不申请临时禁令的情况下，单独申请诉前证据保全没有规定。这一方面满足了司法实践的需要，有利于对专利权的保护；另一方面，司法解释毕竟是对法律具体适用中的解释，不是立法，专利法没有诉前证据保全规定，司法解释不能走得太远了。现在，如何处理专利法与商标法等不协调的问题？既然专利法和司法解释已经这么规定了，就应当按照法律的规定办，否则就没有法律依据。实践中解决的方法是，允许当事人在提起诉讼的同时申请证据保全，人民法院可以受理证据保全申请，进行证据保全措施，然后送达起诉状等。当然，在实践中遇到此类问题，包括不正当竞争纠纷中能否适用诉前证据保全，根据具体案情如果认为确有必要，也不排除通过报请最高人民法院考虑作出司法解释的途径来解决。
五、知识产权法律规定的特殊举证责任
专利法、商标法、著作权法等知识产权法律对举证责任作了一些特殊的规定，比如专利法第五十七条第二款规定，因新产品制造方法发明专利引起的专利侵权诉讼，由制造同样产品的单位或者个人对其产品制造方法不同于专利方法承担举证责任。商标法第五十六条第三款规定，销售不知道是侵犯注册商标专用权的商品，能证明该商品是自己合法取得的并说明提供者的，不承担赔偿责任。但停止侵权的责任仍然要承担，除非双方当事人另行就此达成协议。著作权法第十一条第四款规定，如无相反证明，在作品上署名的公民、法人或者其他组织为作者。该法第五十二条规定，复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作行为有合法授权的，复制品的发行者或者电影或者以类似摄制电影的方法创作的作品、计算机软件、录音录像制品的复制品的出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。
初看起来，这些法律条文似乎都是民事责任方面的规定。但仔细推敲，这些规定都应属于对举证责任的法律规定，是专为知识产权诉讼中某种举证不能时，当事人应当负担一定民事责任而作的特殊规定。对上述这类关于举证责任的特殊规定，人民法院应当严格执行。在知识产权案件审判中，遇到法律特殊规定的情形，应当适用知识产权法律特殊的规定，而不适用最高人民法院关于证据规则的一般规定。
1、专利侵权中涉及新产品方法的发明专利的举证责任倒置
这个问题的焦点主要集中在如何处理好证据公开质证与保护被告商业秘密的关系上。根据专利法第五十七条第二款规定，这类专利侵权案件是要由被告提供其产品制造方法不同于专利方法的证明，这是被告的法定举证义务，应当严格执行。专利法如此规定，是由于是否使用某种方法专利的证据很难提供，原告只要能证明被告生产的新产品与专利产品一样，举证责任就发生倒置，由被告证明其生产产品的方法不同于原告的方法专利。该项规定是知识产权举证责任倒置最典型的例子，适用时要把握好以下几个要点：
一是要在原告完成了应负的举证责任之后，才能实行举证责任倒置。除了上文所述外，原告还要证明被告生产的产品与自己依照专利方法直接获得的产品属于同样的产品，同时还要说明依据自己的专利方法所直接获得的产品是一项新产品。如果原告不能证明这两点，或者被告能够举出相反的证据推翻原告的事实主张，被告就不承担提供自己产品制造方法的举证责任。
二是应当将被告提供的证明其产品制造方法的证据限定在必要的范围内，即以足以证明其产品制造方法与原告的专利方法不同为必要，而不是要求被告提供其产品的全部制造方法。例如，被告只要证明其产品制造方法的个别工艺步骤、化合物的个别成分等，与方法专利的某一必要技术特征不同也不等同，即为完成了举证责任。这样就可以在很大程度上起到保护被告商业秘密的作用。
三是被告根据法定举证责任倒置义务所提供的证明其产品制造方法的证据应当依法进行质证方能作为认定案件事实的根据，不能以所提供的证据涉及商业秘密而拒绝质证。既然要质证，当然也要将证据提供给对方，进行证据交换，否则就无法质证。
在司法实践中，有的不让原告接触被告的涉及商业秘密的证据，以致出现被告提供的证据的载体都有瑕疵，使得证据质证与保护被告商业秘密的关系失衡了，专利法有关举证责任倒置的规定也因此落空。当然，为了防止扩散被告的商业秘密，人民法院一定要严格依照民事诉讼法和最高人民法院司法解释规定的程序进行质证，并且可以根据具体案件采取相应的防范措施。
2、商业秘密的举证责任是否倒置问题
商业秘密包括技术秘密，涉及这类客体的举证责任是否发生倒置，在司法实务界和学界都有不同的认识和观点。有的观点主张，在侵犯商业秘密的纠纷案件中，要适用被控未经许可使用商业秘密的一方负倒置的举证原则，同专利领域的方法专利的举证责任相同。理由是被告使用商业秘密的事实很难为他人举证，而被告则很容易对自己使用的商业秘密特别是技术秘密举证。为了加强对商业秘密的保护，应当举证责任倒置。
此种主张忽略了专利与商业秘密的重大区别，忽略了举证责任倒置只能来源于法律的特殊规定。首先，专利的主体只能是一个，必须由有关国家机关授权。而一项商业秘密可以有不同的多个主体，并不需要授权取得。其次，对商业秘密的侵犯不在于是否对商业秘密使用、披露等行为，而主要是是否以不正当的手段获取了商业秘密；反向工程取得的商业秘密被认为是合法取得，而在专利来说，制造、使用、销售、许诺销售某项专利等行为都会被认为属于涉嫌侵犯该项专利权的行为。再次，新产品方法专利的举证责任倒置为专利法等法律所明文规定，而反不正当竞争法等对商业秘密的举证责任并没有相应规定。所以，商业秘密侵权诉讼的举证责任倒置，并没有法律依据，并且今后将此种举证责任进行立法的理由也仍嫌不充足。
在涉嫌侵犯方法专利权的案件中，对待被控侵犯的客体为发明专利的，如果原告举出基本证据后，被告以其商业秘密和担心其商业秘密被泄漏为由对抗的，对进行鉴定被告送检的材料应该进行质证，以保证证据材料和鉴定结果符合证据的"三性"。如果涉及的是实用新型专利，此类专利未经过实质审查，可靠程度较差，因而在商业秘密的披露程度上就应有一定的控制，应该防止二次泄密。
而在涉嫌侵犯商业秘密的案件中，原告是商业秘密的权利人，被告也说自己被控的技术方案或者其他信息属于商业秘密，在被告是否使用原告的商业秘密上，不能适用举证责任倒置，还应当适用谁主张谁举证的原则，这时，原告的举证责任就重于被告：不但要证明自己享有权利，还要证明被告通过不正当的手段获取了或者使用了自己的商业秘密。
3、出版者、制作者、发行者、出租者的举证责任
根据著作权法第五十二条的规定，出版、制作、出租等行为人对自己所经营的业务应当负有不侵犯他人著作权的比一般人更强的注意义务，应当保证经营中所涉及的复制品等的合法授权或者来源合法。如果在经营中出现了侵权行为、侵权复制品，他们应当对其所尽的注意义务如涉及的复制品有合法授权、合法来源等进行举证，举证不能的推定未尽到注意义务，虽然原始的侵权复制品并不是最初来源于这些行为人，他们仍应承担侵权的法律责任。
根据著作权法的这一规定，最高人民法院在著作权法司法解释第十九条规定，出版者、制作者应当对其出版、制作有合法授权承担举证责任，发行者、出租者应当对其发行或者出租的复制品有合法来源承担举证责任。举证不能的，依据著作权法第四十六条、第四十七条的相应规定承担法律责任。这一规定对遏制市场中涉及出版、制作等中间环节的盗版等侵犯著作权行为，具有重要意义。
4、计算机软件复制品出版者、制作者的举证责任
《计算机软件保护条例》第二十八条规定，软件复制品的出版者、制作者不能证明其出版、制作有合法授权的，或者软件复制品的发行者、出租者不能证明其发行、出租的复制品有合法来源的，应当承担法律责任。该条规定的法源，同样来自我国著作权法第五十二条的规定。
这些法律和法规规定内容的实质，都是事先为出版者、制作者、发行者、出租者等设置一定的法律义务。当这些义务未被履行时，这些行为主体就要承担一定的法律责任，从而解决了在司法实践中长期存在的难题，即当行为人以不知所出版、发行等的作品为侵权品为理由抗辩时举证责任到底由谁来承担的问题。按照这些新的法律规定，当行为人所出版、制作等的作品为侵权品时，行为人应当证明其作品有合法授权或者合法来源，如果证明不能或者不实，就由出版者等行为人承担法律责任。这些规定无疑对保护著作权人的合法权益具有十分重要的意义。
总之，根据法律和司法解释的规定，当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实有责任提供证据。在审判案件过程中，当事人是否已经尽到了举证责任，必须由法官根据法律和司法解释预设的举证责任规范，结合案件的实际情况做出具体确认。
在依据法律和有关司法解释无法明确确定举证责任时，可以根据公平原则和诚实信用原则，综合当事人的举证能力确定举证责任。
